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법인 활동으로 발생하는 소득에 대하여, 일본에서 과세되는 세금에는, 법인세(국세), 법인주민세(지방세), 사업세(지방세), 지방법인특별세(국세. 단, 신고•납부는 사업세와 함께 지자체에 합니다) (이하 「법인세 등)이라 합니다)가 있습니다. 법인주민세, 사업세(지방법인특별세를 포함, 이하 동일함)의 과세 대상이 되는 소득의 범위, 과세 소득의 산정은 일정한 예외적인 경우를 제외하고, 법인세 취급 규정에 따라 처리하도록 되어 있습니다. 법인주민세에 대해서는 소득에 대한 세금 이외에, 자본 등의 금액 및 종업원 수를 과세 표준으로 하는 균등할 과세가 이루어집니다. 또한, 사업세에 대해서는 자본금 1억 엔 초과의 법인을 대상으로 외형표준과세가 이루어집니다.

소득에 대하여 과세하는 이들 법인세 등은 회사의 사업년도마다 계산된 소득을 과세 표준으로 합니다. 이 밖의 법인세 등으로는 퇴직 연금 등의 적립금에 대한 법인세(2014년3월31일까지 개시하는 사업연도에 대해서는 과세정지)가 있습니다.

각 사업년도의 소득에 대한 법인세, 법인주민세 및 사업세의 세율(법인소득에 대한 세금 부담 및 균등할)은 다음과 같습니다.(도쿄도(東京道)의 경우, 소규모 기업의 예시). 또한, 지방세에 대해서는 사업규모, 소재하는 지방자치단체에 따라 세율이 약간 다른 경우가 있습니다.
법인소득에 대한 세금 부담
과세 소득 금액의 구분 400만엔 이하 400만엔 초과
800만엔 이하		 800만엔 초과
법인세
부흥특별법인세
법인주민세
  (1) 도도부현(都道府県) 주민세
  (2) 구시정촌(區市町村) 주민세
사업세
지방법인특별세		 15.00%
1.5%

0.75%
1.85%
2.70%
2.19%		 15.00%
1.5%

0.75%
1.85%
4.00%
3.24%		 25.50%
2.55%

1.27%
3.14%
5.30%
4.29%
종합 세율 23.99% 26.34% 42.05%
실효 세율 22.86% 24.56% 38.37%

※ 법인세의 적용기간:2012년 4월 1일 이후 시작하는 3사업연도
※ 법인주민세 및 사업세에 대해서는 도쿄도의 경우를 예시. 단 하기 사항을 조건으로 합니다.
   ・ 자본금은 1억엔 이하. 자본금이 5억엔이상의 대형 법인의 100%자회사에는 해당하지 않습니다.
   ・ 법인세액은 년 1,000만엔 이하, 또한, 소득 금액은 년 2,500만엔 이하.
   ・ 2 이하의 도도부현((都道府県)에 사무소·사업소가 소재.
※2015년 4월 1일 이후 시작하는 사업연도 부터 아래의 세율이 적용됩니다. 다만, 상기의 조건의 법인을 전제로 합니다.
과세 소득 금액의 구분 400만엔 이하 400만엔 초과
800만엔 이하		 800만엔 초과
법인세
법인주민세
(1)도도부현(都道府県) 주민세
(2)구시정촌(區市町村) 주민세
사업세
지방법인특별세		 19.00%

0.95%
2.34%
2.70%
2.19%		 19.00%

0.95%
2.34%
4.00%
3.24%		 25.50%

1.27%
3.14%
5.30%
4.29%
종합 세율 27.18% 29.53% 39.50%
실효 세율 25.91% 27.53% 36.05%

법인주민세 균등할 과세분
자본 등의 금액 종업원수 균등할
￥5,000,000,000 초과 - 50 인 초과 ￥3,800,000
￥1,000,000,000 초과 ￥5,000,000,000 이하 50 인 초과 ￥2,290,000
￥5,000,000,000 초과 - 50 인 이하 ￥1,210,000
￥1,000,000,000 초과 ￥5,000,000,000 이하 50 인 이하 ￥950,000
￥100,000,000 초과 ￥1,000,000,000 이하 50 인 초과 ￥530,000
￥100,000,000 초과 ￥1,000,000,000 이하 50 인 이하 ￥290,000
￥10,000,000 초과 ￥100,000,000 이하 50 인 초과 ￥200,000
￥10,000,000 초과 ￥100,000,000 이하 50 인 이하 ￥180,000
- ￥10,000,000 이하 50 인 초과 ￥140,000
- ￥10,000,000 이하 50 인 이하 ￥70,000

 
일본의 법률에 근거하여 새로이 일본법인을 설립, 또는, 일본지점 등을 설치했을 경우에는, 그 설립 또는 설치 후, 일정한 기한내에 세무당국에 그 설치와 관련된 세무신고 서류를 제출해야 합니다. 또한 외국법인이 지점 등을 설치하지 않고 일본 국내에서 법인세 과세 대상이 되는 일정한 소득을 얻었을 경우, 또는 지점은 설치되어 있지 않지만 이하에서 규정하는 조건에 일치하는 장소 혹은 사람을 통해서 활동을 한 경우에도 세무신고 서류를 제출할 필요가 있습니다.

지점을 설치하지 않고 활동을 하는 외국법인이 세무신고를 할 필요가 있는 경우
   일본 국내에서 건설, 설치, 조립, 그 밖의 작업 또는 작업의 지휘 감독의 역무를 1년 이상 행한 경우.
   이하의 일정한 대리인을 통해서 사업을 행하는 경우
   ・ 해당 외국법인을 위해, 관련 사업에 대한 계약 체결의 권한을 가지며, 또한 이것을 상습적으로 행사하는 자
   ・ 해당 외국법인을 위해, 고객의 일반적인 요구에 대응할 수 있을 정도의 수량을 자산으로 보관하고,
     또한 그 자산을 고객의 요구에 따라 인도해 주는 자
   ・ 오직 또는 주로 하나의 외국법인을 위해, 상습적으로 관련 사업에 대한 계약을 체결하기 위한 주문의 취득,
     협의, 그 밖의 행위에 있어서 중요한 역활을 하는 자
 
일본에서 설립된 법인의 소득은 소득의 발생장소와 상관없이 일본에서의 과세 대상이 됩니다. 한편, 외국에서 설립된 법인에 대해서는, 과세상 그 법인을 다음과 같이 세가지중의 하나로 구분하고, 그 구분에 따라, 국내 원천소득 중 각각 정해진 소득에 대해 일본에서의 법인세, 법인주민세, 사업세가 과세됩니다.

외국법인의 일본에서의 활동 양태와 과세 소득과의 관계
   일본 국내에 지점, 출장소, 사업소, 사무소, 공장 등 사업을 하는 일정한 장소를 소유한 외국법인
  ※ 단, 이하의 장소는 여기서 말하는 ‘일정장소’에 포함되지 않습니다.
   ・ 외국법인이 광고, 선전, 정보의 제공, 시장조사, 기초적연구 그 밖에 그 사업의 수행에 있어 보조적인 기능이
     있는 사업상의 활동을 하기 위해서만 사용하는 일정의 장소("주재원 사무소의 소득" 참조)
   ・ 외국법인이 그 자산을 구입하는 업무를 위해서만 사용하는 일정의 장소
   ・ 외국법인이 그 자산을 보관하기 위해서만 사용하는 일정의 장소
 
이른바 주재원 사무소등을 통해서 일본에서 활동하는 외국법인으로, 그 주재원 사무소가 광고 선전, 정보의 제공, 시장조사, 기초적 연구, 그 밖에 그 법인의 사업 수행에 있어서 보조적인기능이 있는 행위를 할 경우 그 행위에서는 법인세의 과세대상으로 되는 소득은 발생하지 않게 되어 있습니다.
 
각 사업년도의 소득에 대한 법인세 등의 과세 표준인 소득 금액은, 일반적으로 공정 타당하다고 인정된 회계 처리 기준에 의해 산정된 기업 이익에 소요 세무 조정을 해서 산정됩니다. 이하에 예시된 일정한 예외적인 경우를 제외하고 수익 가득(稼得)을 위해 발생한 원가, 경비 액은 공제할 수 있습니다.

외국법인의 경우, 과세되는 일본 국내 원천소득 산정상 공제해야 할 원가, 경비에 대해서는 그 발생 장소에 제한은 없습니다. 다만, 국외에서 발생한 원가, 비용을 국내 소득 산정상 공제하기 위해서 배부(配賦)할 경우에는 그 명세서를 작성해야 합니다. 또한 그 배부는 정해진 방법에 의해 적정히 이루어져야 합니다.

원가, 비용의 공제에 제한이 있는 일정한 항목의 예
   ・ 법인세 및 벌과금
   ・ 기부금의 손해금 산입(算入) 한도 초과액
   ・ 교제비의 손해금 산입 한도 초과액
   ・ 각종 준비금의 이월액
   ・ 감가 상각 자산 및 순연 자산의 상각 한도 초과액
   ・ 자산의 평가 감소
   ・ 임원 상여, 임원의 과대 보수, 과대 퇴직 급여
   ・ 임원 급여, 임원 퇴직 급여
 
외국법인의 지점에서는 본점(본국)으로의 송금에 대해서는, 원칙적으로 과세 관계는 발생하지 않습니다. 다시 말해 원칙적으로 그 송금에 대해서는 지불자인 지점에서 그 지불을 경비로서 처리할 수 없으므로 수취자인 본점에서도 그 지불은 소득으로서 취급되지 않습니다.

한편, 일본 법인이 행하는 모회사(본국)로의 송금은, 일반적으로 원가, 경비의 지불, 이익의 배당, 또는 대부(혹은 대부금의 변제)로서 처리됩니다. 그 내용 중 일정한 것은 지불자인 일본 법인에서 경비로서 공제되고, 한편 모회사에서 그 내용 중 일정한 것은 수취자인 모회사에서 소득으로서 인식됩니다. 모회사에서 소득으로 취급되는 일정한 지불(예를 들면 이자, 배당, 사용료의 지불)에 대해서는, 그 지불시에 원천소득세의 과세가 필요한 경우가 있습니다.
 
동족회사인 일본 법인 중 일정한 것에 대해서는, 일반적인 소득에 대한 법인세에 유보금 과세가 추가로 적용됩니다. 유보금 과세는, 각 사업년도의 유보 금액에서 유보 공제액을 공제해서 산출되는 과세 유보 금액에 특별세율을 적용하여 산출됩니다. 특별세율은 소득 금액에 따라, 년 3,000만엔 이하의 금액에 대해서는 10%, 년 3,000만엔 이상 1억엔 이하의 금액에 대해서는 15%、년 1억엔 이상의 금액에 대해서는 20%로 되어 있습니다.
 
각 사업년도 소득의 계산상 발생한 결손금액은 그 후 9 년간 이월됩니다. 이 결손금 이월제도는, 결손이 생긴 사업년도에 있어서 청색신고서를 제출하고, 그 이후 연속해서 확정신고서를 제출하는 경우에 한해 적용됩니다.또한 법인 의 자본금이 1 억엔을 넘을 경우, 또는 자본금이 5 억엔 이상인 대기업(외국법 인을 포함)의 100% 자회사인 경우, 소득에서 공제할 수 있는 결손금액은 소득 금액의 80%가 상한입니다.

또 청색신고서를 제출하는 중소법인등 일정의 법인에 대해서는, 결손금이 발 생한 사업년도의 개시일 전 1 년 이내에 시작한 사업년도로 그 결손금을 소급 하고, 소급한 사업년도의 법인세액의 전부 또는 일부를 환급받는 것도 인정되 고 있습니다.
 
법인이 분할, 합병, 현물출자 등(조직재편)에 의해 자산을 이전하는 경우에는, 원칙적으로 이전자산의 양도 손익에 대한 과세가 이루어집니다. 그러나 100% 직접 또는 간접 지주관계에 있는 법인간의 조직재편에서 일정 부분 혹은 50% 이상의 직접 또는 간접 지주관계에 있는 법인간의 조직재편에서 공동 사업을 위한 조직재편 등으로써 일정한 요건을 충족하는 조직재편에 대해서는, 적법한 조직재편으로서 그 이전자산의 양도 손익에 대한 과세를 연기해 주는 조치가 이루어지고 있습니다.
 
확정신고와 납부
  법인은 각 사업년도 종료일 다음날부터 2개월 이내에 그 소득에 대한 법인세, 법인주민세, 사업세에 대해서 세무신고서를 제출해야 합니다. 그러나 회계 감사인의 감사가 종료되지 않거나, 그 외 부득이한 사유에 의해 결산이 확정되지 않아 확정신고서를 제출할 수 없을 경우에는, 세무서장의 승인을 받아 제출 기한의 연장을 요청할 수 있습니다. 이 확정신고서에 기재하는 소득 금액이나 세액 등은, 주주총회의 결의에 의해 확정된 결산에 근거해서 계산되어야 합니다.
또 계산된 세액은 동 기간내에 납부되어야 합니다. 상술한 바에 따라 신고서의 제출 기한이 연장되더라도 납부기한은 연장되지 않으므로 연장기간중에 납부한 경우에는 그 기간에 대해 이자세와 연체금(손금산입)이 부과됩니다. 이 납부해야 할 확정 세액의 계산상, 미리 납부된 중간납부액이 있을 경우에는 그것을 공제합니다.
중간신고와 납부
  사업년도가 6개월을 넘은 법인에 대해서는, 그 사업년도 개시일 이후 6개월을 경과한 날까지의 기간에 대해서, 최초 6개월을 경과한 날로부터 2개월 이내에 중간신고서를 제출하고 중간납부액을 납부하여야 합니다.(정해진 계산식으로 계산된 세금액이 일정금이하의 경우를 제외합니다.)
청색신고
  법인의 세무신고서는 백색과 청색신고서로 구별됩니다. 법인은 세무서의 승인을 받아 청색신고서를 제출할 수 있습니다. 청색신고서를 제출하는 법인에는 각종 세무상의 특전이 주어지고 있습니다. 청색신고서를 제출하는 것에 대해 세무서의 승인을 받기 위해서는 일정한 서식에 의한 승인신청서를 그 사업년도의 개시일 전날까지 세무서에 제출하여야 합니다. 새로이 설립된 법인이나 일본에 새로이 지점을 설치한 외국법인에 대해서는, 그 설립(설치)일의 사업연도부터 청색신고의 적용을 받으려고하는 경우는, 그 설립(설치) 후 3개월을 경과한 날과 설립(설치) 후 최초 사업년도 종료일 가운데 빠른 날의 전날까지 승인신청서를 제출하여야 합니다.
 
자본금 또는 출자금액이 1억엔을 초과하는 법인에 대해서는 소득, 부가가치 및 자본금을 과세표준으로 하는 외형표준과세가 이루어집니다. 소득율, 부가가치율 및 자본율 각각의 표준세율은 다음과 같습니다.

(예)도쿄도 표준세율
소득율 년 400만엔 이하 1.69% 1.5%
년 400만엔 초과 년 800만엔 이하 2.475% 2.2%
년 800만엔 초과 3.26% 2.9%
부가가치율 0.50% 0.48%
자본율 0.21% 0.2%
지방법인특별세 표준세율로 계산한 소득율에 대해148%
※ 지자체에 따라 표준세율과 다른 세율이 적용되는 경우가 있습니다.