일본의 철도는, 시간이 정확한 것과 안전성이 높은 것으로 유명하다. 최대 규모의 JR(일본철도) 그룹은 국내 전역의 그물망같은 노선망을 정비하고 있다.
빠르고 쾌적한 초특급열차, 신칸센(新幹線)은 외국여행자에게도 권하고 싶은 교통수단으로, 십여분 간격으로 도쿄에서 국내 주요도시로 출발하고 있다.

열차표의 요금은 거리에 따라 다르며, 특급, 급행등의 운행형태나 그린차(1등석)나 지정좌석차, 침대차등의 좌석 형태에 따라서도 추가요금이 별도로 필요하다.
근거리 열차표는 각 역에 설치된 자동판매기에서 구입이 가능하다. 장거리 열차표의 구입이나 각종 예약은, 역 구내의 「녹색창구(みどりの窓口)」에서 문의하면 된다.

JR(일본철도) 그룹이 발행하고 있는 재팬 레일 패스는, 여행자에게 있어 편리하면서도 득이 되는 패스이다.
이 패스는, JR과 관련된 버스노선 및 페리노선을, 거의 제한없이 이용할 수 있다.(단, 신칸선(新幹線)의 신형특급 「노조미(のぞみ)」는 이용할 수 없다)

재팬 레일 패스는 일부의 예외를 제외하고, 원칙적으로는 일본에 「일시체재자」로서 입국한 외국인 여행자만을 대상으로 한 서비스이며, 일본국내의 여행대리점 등을 통해서 패스교환증을 입국전에 구입하지 않으면 안된다.
일본 입국시에 여권에 「일시체재자」의 스탬프를 받은 여행자만이, 국내의 지정장소에서, 사전에 구입한 패스교환증과 여권을 제시함으로서, 재팬 레일 패스를 교부 받을 수 있다.

각 도시에는, JR(일본철도) 그룹 이외에도 많은 민간철도가 운행되고 있다.
이들 철도노선은 주로 출근·통학을 위한 교통편으로 이용되며, 도시교외의 주택지와 도시중심부를 잇는 경우가 많다.
또한, 관광지로서 유명한 하코네(箱根)나 닛코(日光), 도바(島羽)등의 장소에 가는 경우는, 이들 민간철도를 이용하면 더욱 편리하다.

도쿄(東京), 오사카(大阪) 모두 JR(일본철도) 그룹이 운행하는 간죠센(環狀線)(도쿄:야마테센(山手線)/ 오사카:간죠센(環狀線))을 중심으로, 다양한 노선이 운행되고 있다.

또 JR 이외의 철도나 지하철이 많이 운행되고 있어, 대단히 편리하다. 표는 각 역에 설치된 자동권매기에서 구입한다.

대도시·지방도시에 관계없이, 다양한 회사의 정기노선 버스가 운행되고 있다. 운임은 각 회사에 따라 다르지만, 시내순환버스의 경우, 200엔 전후이다.

도시간을 잇는 장거리 버스가 주야에 관계없이 다수 운행되며, 항공기나 철도보다도 저렴한 운임으로 이용 가능하므로, 시간에 여유가 있는 여행자에게는 필히 권하고 싶다.